Visto che molto spesso non mi ricordo le password dei documenti pdf che genero utilizzo questo comodo strumento online che rimuove queste protezioni:

http://pdfpirate.net/

basta selezionare il file pdf e attendere con pazienza (lo stesso form suggerisce: “patience is a virtue”) che abbiamo il pdf non protetto.

La raccomandazione è quella di non usare questo strumento per altri fini!